基金加入中は、毎月の給料から国に厚生年金保険料を、基金に掛金をそれぞれ納めます。ただし、基金の上乗せ給付分は事業主が全額負担しているため、基金未加入の人に比べて負担が増えるわけではありません。
毎月の保険料・掛金の額は、給料の額に応じて計算されます。具体的には、実際の給料を「標準報酬月額（基金は報酬標準給与の月額）」にあてはめ、それに保険料率・掛金率を乗じて算出します。
賞与の保険料・掛金の額は、標準賞与額（基金は賞与標準給与の額）に保険料率・掛金率を乗じて算出します。
育児休業期間中は、事業主の申し出により、厚生年金保険料と基本標準掛金の負担が、事業主も加入員も免除されます。免除された期間は、保険料や掛金を納めたものとして年金額が計算されるので、安心して育児に専念できます。
標準報酬（報酬標準給与）月額とは、給料を一定幅の区分に当てはめたもので、毎年4・5・6月の平均額で決められます。標準賞与（賞与標準給与）額とは、ボーナスの額の1,000円未満を切り捨てたものです（ただし150万円を上限）。
平成15年4月より、毎月の給料・ボーナスのそれぞれに同じ保険料率・掛金率を適用する「総報酬制」が導入されています。（ただし、ボーナスは基本標準掛金のみが対象）
ボーナス支給時に納める保険料・掛金は、標準賞与（基金では賞与標準給与）額により計算されます。標準賞与（賞与標準給与）額とは、ボーナスの額の千円未満を切り捨てたものです（上限150万円）。
